En el siguiente vínculo se muestra un tutorial practiquísimo sobre como depurar una aplicación en java utilizando la herramienta jdb desde la línea de comandos.

http://www.wikilearning.com/tutorial/tutorial_de_java-el_depurador_de_java_jdb/3938-52

Definitivamente puede servir si eres de esos a los que de vez en cuando les gusta hacer las cosas desde una línea de comandos. Sin embargo, no lo recomiendo para producción.